因應網路跨境交易日益頻繁，財政部領先全球制定跨境電商營業稅及營所稅課稅規定，跨境電商無論在台有無固定營業場所及營業代理人，取得境內所得時皆須依法辦理扣繳及申報。
台北國稅局官員表示，依「網路交易課徵營業稅及所得稅規範」規定，外國營利事業利用網路提供線上廣告給我國境內營利事業或個人，所收取的報酬屬於稅法規定的境內來源所得，若外國營利事業在我國境內無固定營業場所及營業代理人，則我國企業給付外國營利事業報酬時，應依規定辦理扣繳及向所轄稽徵機關辦理扣繳憑單申報。
官員舉例說明，台灣某公司透過某國外社群網站刊登廣告，並支付廣告費用新台幣10萬元，由於該社群網站在台灣無固定營業場所及營業代理人，台灣公司支付廣告費用時，應扣繳20%稅款，即2萬元，並於代扣稅額當日起10天內繳清。
不過，像臉書（Facebook）、Agoda等在台灣已有辦理營業登記的跨境電商，去年起可適用跨境電商課稅新制，除可採核實計算所得額並繳稅外，也可向國稅局申請按營業項目適用同業利潤標準淨利率計算所得，或按平台服務電子勞務業別，依淨利率30%計算所得額，再根據台灣的「利潤貢獻度」，計算應稅所得。
例如，台灣企業付給Facebook新台幣1萬元在國內刊登廣告，屬我國境內所得，可依規定辦理適用淨利率30%，利潤貢獻度為100%（因為只在國內刊登），則1萬元中的3000元屬應稅所得（1萬元x30%x100%=3000元），乘以境外企業扣繳率20%後，Facebook此筆交易要繳600元的所得稅，比起原本就源扣繳2000元稅款，還少了1400元。
官員表示，對跨境電商來說，所得稅新制其實比就源扣繳更加優惠。而新制回溯至去年適用，呼籲跨境電商儘速申請，今年5月就能以新制申報營所稅；至於去年已經就源扣繳20%的部分，也可以申請退稅。
財政部官員指出，過去不乏聽聞有些跨境電商與境內企業交易，會要求境內企業代繳稅款，意即交易金額為新台幣100萬元，跨境電商業者就要實拿100萬元，結果境內企業實際必須支出125萬元，企業負擔大幅增加。
跨境電商營所稅新制上路後，跨境電商租稅負擔降低，轉嫁稅負的誘因減少，消費者也有機會減輕負擔。
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